中国农业生态环境保护协会是由农业生态环境保护科学技术工作者和管理工作者自愿结成的、全国性的、非营利性的、专业性社会团体。倡导“献身、创新、求实、协作”的科学精神，坚持办会原则，团结广大农业生态环境保护科技、管理工作者，为繁荣和发展我国的农业生态环保事业，推进农业可持续发展，实现社会主义和谐社会做出贡献。

　　1981年4月，经中国农学会在京常务理事扩大会议讨论通过，同意成立中国农业环境保护协会。1991年3月，根据农业部通知精神，拟将原协会更名为中国农业生态环境保护协会，以全国性一级社团名义申办登记手续。1991年8月，中华人民共和国民政部部长签发了中国农业生态环境保护协会的社团登记证，予以注册登记。2013年，根据农业部人事劳动司的批复，中国农业生态环境保护协会挂靠单位由农业部环境保护科研监测所变更为农业部生态与资源保护总站，主要办公地点由天津迁到北京。2017年8月，召开了协会第八届全国会员代表大会及八届一次理事会，选举产生了第八届理事会、常务理事会及领导班子。

　　目前协会下设农业环境监测专业委员会、农产品环境安全专业委员会、生态农业专业委员会、农业生物多样性保护专业委员会、草地生态环境保护专业委员会、畜牧环境与废弃物资源化利用专业委员会及渔业环境保护分会、农用地膜污染防治分会、土壤消毒分会、农产品产地污染修复与安全利用分会10个分支机构，基本覆盖了农业资源环境保护的主要领域，团结和凝聚了行业内的主要团体和力量，为会员单位之间的交流与合作提供了专业平台。协会日常工作由秘书处负责，秘书处内设办公室、编辑部、财务部3个部门，主要职责有日常行政管理、对外宣传与联络、会员管理与服务、决策参考与咨询、承担理事会及常务理事会交予的任务等。中国农业生态环境保护协会现共有215个团体会员单位及200多个个人会员。

　　协会长期以来致力于编辑出版高质量学术期刊，打造精品学术交流论坛，目前编辑出版《农业环境科学学报》、《农业资源与环境学报》，在业界内拥有极高的知名度和影响力，在国内外学术期刊评比中都屡获殊荣。《农业环境科学学报》由协会与农业部环境保护科研监测所联合编辑出版，每年编辑出版正刊12期，学报连续4年入选中国精品科技期刊，获中国学术期刊评价报告（RCCSE）权威学术期刊，入选“中国国际影响力优秀学术期刊”，被引频次及影响因子位居全国环境科学类期刊前列。《农业资源与环境学报》同为协会与农业部环境保护科研监测所编辑出版，每年编辑出版正刊6期，被评为中国科技核心期刊、天津市优秀期刊，被美国乌利希期刊指南、化学文摘（CA）、国际农业与生物科学中心（CABI）、EBSCO、中国学术文摘数据库核心版（CSAD）等重要数据库收录。为推动行业交流、推广普及实用技术、宣传先进经验等搭建了平台。